Za začetek naj omenim, da nisem fizik,še manj pa matematik, kar bo vsekakor očitno, me pa zanima bolj podrobno koncept Debroglie, ki pravi da vsako maso lahko predstavimo kot valovanje. Nekaj o tem tukaj;
http://en.wikipedia.org/wiki/Matter_wave, torej predvsem me zanima koliko široko lahko obravnavam tale koncept.
Ali si lahko predstavljam neko biološko molekulo, kot sistem valovanja, torej kot je omenjeno ;
Če to drži, potem ali bi lahko opisal neko proteinsko strukturo kot valovanje.. oziroma to ni čisto pravilen izraz,Molecules[edit]
Recent experiments even confirm the relations for molecules and even macromolecules, which are normally considered too large to undergo quantum mechanical effects. In 1999, a research team in Vienna demonstrated diffraction for molecules as large as fullerenes.[13] The researchers calculated a De Broglie wavelength of the most probable C60 velocity as 2.5 pm. More recent experiments prove the quantum nature of molecules with a mass up to 6910 amu.[14] In general, the De Broglie hypothesis is expected to apply to any well isolated object.
Posamezno molekulo sestavljajo atomi, ki pa so opisani z valovno enačbo, ki opisuje orbitale, torej najmanjši možni radij elektrona ki pa je porazdeljen kot lupina verjetnostne gostote.
Torej je ena makromolekula seštevek posameznik rešitev valovnih enačb, ki opisujejo molekulo atoma?
Vem, da je analitično rešljiva enačba le za enostaven sistem kot je vodik in kakšne enovaletne ione, npr, Li+ , vendar vem da obstajajo tudi metode ki opisujejo več elektronski sistem, seveda pa dobimo neke približke in izračuni potekajo s simulacijo Monte Carlo..
Do zdaj nisem povedal nič novega, ter zagotovo sem kaj napačno se izrazil, vendar, kar me moti je, da ko si zamišljam neko proteinsko strukturo ali markomolekulo ne morem mimo dejstva da je le ta "razmazana", torej vsekakor ne rigidna, čeprav rentegnska difrakcija mi daje kristalno kletko preko katere potem lahko sestavim posamezne atome ter izračunam njihove razdalje ter naredim model molekule in jo predstavim v 3D obliki.
Ko berem kakšne članke, me fascinira dejstvo da opišejo npr. alfa vijačnica te domene je v primeru vezanja z drugo molekulo zarotirana za kot 23 stopinj ipd... opisi so vsekakor mehanični, intuicija pa mi pravi, oziroma moja domišljija, da svet v tej domeni vsekakor ni rigiden, temvec predvsem, "fluiden" in nekoliko "kaotičen"--
Mogoče kaj posredno sprašujem je, ali je svet iz delcev ali paketov valovanj zgoščene energije?
Ko naredim 3D model proteinske strukture in npr opišem aktivno mesto z neko natačnostjo, določim AK zaporedja vezavnega mesta in substrata in opazim da se sklada z vdolbino aktivnega mesta, vse to pravilno napovem, in ko naredim eksperiment dobim tudi uspešen rezultat.. torej sledi da celotna 3D struktura zadovoljivo pojasni interakcijo med substratom in vezavnim mestom, torej metoda retngenske difrakcije mi dodobra opiše položaj "delcev".. evo, tukaj se zatakne.. kako vem da so to delci? .. sam rezultat in dejstvo da so napovedi v skladu z eksperimentom mi nič ne pove o sami naravi molekule, torej ali je iz delcev ali zgolj paketka valovanj... saj če si predstavljam da ko se X žarki sipajo po molekuli, si lahko predstavljam le te ko valovanje, kjer se vrhovi seštevajo, nekje odštevajo.. tisti ki se seštevajo dobim kot vrh ali maksimu, torej lahko rečem da je tam ojačitev, torej položaj delca katerega sem izmeril z gibalno količino rentgenskega žarka in mu določil pozicijo, ampak to mi ne pove ali gre za delec ali valovanje.. Kaj je torej, valovanje, ki postane delec zaradi energijske interakcije, ki pa takoj ,nekaj sekund po reakciji,preide v svojo inherentno primarno stanje ki je pravzaprav valovanje...
Kaj me zanima?
Ali lahko molekulo zapišem v valovni enačbi?, kot skupek posameznik prispevkov valovanj ali linearno kombinacijo rešitev valovne enačbe?
Npr, če bi hotel izračunati kakšna je valovna dolžina neke makromolekule, kaj bi vse potreboval?
V kolikor sem razumel, od hitrega branja konceptov Debroglia je da je verjetnost da najdemo delec na neki poziciji x porazdeljen kot valovanje, ali lahko to trdim za vsak delec ki sestavlja makromolekulo?
Torej če bi lahko popisal makromolekulo kot prispevek posameznik valovanj, v primeru, da vsak delec( glede na njegovo fizikalno kemijsko naravo) opiše ali daje drugačno rešitev, in seštel te prispevke, bi to pomenilo da je to vsota gibalne količine celega sistema makromolekule in iz te relacije in izmerjena valovne dolžine izračunal energijo celotnega sistema makromolekule v začetnem stanju( npr, pred neko reakcijo te makromolekule z neko drugo strukturo)..
Ok, mislim da je tole za začetek dovolj, sigurno je v tem nekaj nelogičnosti in napak zato sem tudi podal, da vidim kaj je pravilno in kaj ne.
Hvala,
lp